Shiga giáp với tỉnh Fukui ở phía Bắc, tỉnh Gifu ở phía Đông, tỉnh Mie ở phía Đông Nam và tỉnh Kyoto ở phía Tây.

Những phần khác của tỉnh bao gồm Kohoku (phía Bắc hồ Biwa), Kosei (phía Tây hồ), Koto (phía Đông hồ) và Konan (phía Nam hồ).

Hồ Biwa, hồ lớn nhất Nhật Bản, nằm ở trung tâm tỉnh này. Nó bao phủ một phần sáu tổng diện tích tỉnh và được bao quanh bởi các dãy núi, vùng núi Hira ở phía Tây, dãy núi Ibuki ở phía Đông và vùng núi Suzuka ở phía Đông Nam. Vùng phía bắc tỉnh Shiga về căn bản lạnh (do tuyết) hơn vùng phía Nam (vùng ấm hơn).

Sông Seta chảy từ hồ Biwa đến vịnh Osaka qua Kyoto. Đây là con sông tự nhiên duy nhất chảy ra khỏi hồ. Còn mọi con sông tự nhiên khác đều chảy đổ vào hồ.